El mecanismo de acción de la EMTR se basa en el principio de la inducción electromagnética. Mediante campos magnéticos concentrados, podemos estimular o desacelerar áreas específicas del cerebro. La ubicación precisa y el método de tratamiento varían de una persona a otra y se determinan mediante la actividad cerebral, que puede mapearse fácilmente con un escáner cerebral. Los cambios sutiles en la actividad provocados por la EMTR conducen a efectos beneficiosos en el estado de ánimo, la cognición y el comportamiento de la persona.

La EMTR  es particularmente conocida por su aplicación exitosa en el tratamiento de la depresión, donde puede tener efectos positivos sin efectos secundarios graves. La investigación también ha demostrado que la EMTR puede tener resultados positivos en otras condiciones, como trastornos de ansiedad, trastorno obsesivo-compulsivo (TOC), trastorno de estrés postraumático (TEPT) y ciertas formas de dolor crónico.